在面对原告起诉被告，却发现被告公司已注销的情况时，法律程序的处理需要谨慎和细致。以下是针对此类情况的一些建议和应对策略。
一、确认企业注销情况
首先，需要核实被告公司是否真的已经完成注销程序。可以通过以下途径进行确认：
- 工商查询：通过国家企业信用信息公示系统查询被告公司的注册信息，确认其是否已经注销。
- 税务查询：联系当地税务局，查询被告公司的税务登记状态。
- 法院公告：关注法院发布的公告，了解被告公司是否因涉及诉讼而被注销。
二、分析法律依据
根据《中华人民共和国公司法》和《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律法规，企业注销后，以下几种情况可能发生：
- 被告主体资格消失：如果被告公司已经完成注销，其法人资格将消失，理论上不再具备诉讼主体资格。
- 被告财产清算：如果被告公司尚未清算，其财产应依法进行清算，清算后的财产用于偿还债务。
- 诉讼时效问题：如果原告起诉时间在被告公司注销前，且诉讼时效尚未届满，原告可以继续诉讼。
三、应对策略
1. 转移被告主体
如果被告公司已经注销，但原告有充分的证据证明其债务未清偿，可以采取以下策略：
- 追加被告：向法院申请追加被告公司的股东、法定代表人或其他相关责任人为被告，要求其承担连带责任。
- 财产保全：在诉讼过程中，申请法院对被告公司的财产进行保全，以保障原告的债权。
2. 诉讼时效问题
如果原告起诉时间在被告公司注销前，但诉讼时效尚未届满，可以：
- 继续诉讼：按照原诉讼程序继续进行，法院应受理并审理。
- 变更诉讼请求：如果原诉讼请求因被告主体资格消失无法实现，可以变更诉讼请求，如要求被告公司的清算组成员承担赔偿责任。
3. 协商解决
在法律程序进行的同时，原告可以尝试与被告公司的清算组或其他相关方进行协商，寻求和解的可能性。
四、案例分析
以下是一个实际案例：
案例：原告某公司起诉被告公司（已注销），要求支付货款及违约金。经调查，被告公司在注销前欠原告货款100万元，且未进行清算。
应对策略：
- 追加被告：原告可以向法院申请追加被告公司的股东为被告，要求其承担连带责任。
- 财产保全：申请法院对被告公司的财产进行保全，以保障原告的债权。
- 诉讼时效：由于原告起诉时间在被告公司注销前，且诉讼时效尚未届满，原告可以继续诉讼。
通过以上分析，可以看出，面对被告公司已注销的情况，原告应采取多种策略，依法维护自身权益。在处理此类案件时，建议咨询专业律师，以获得更具体的法律建议。